به گفته وی، نظام آخوندی از ماههای آغاز حکومت و از روزی که اصل ننگین ولایت فقیه را در قانون اساسی به ثبت رساند به شتابان به سمت دیکتاتوری شکل گرفت. کدیور گفت: به نظر من ولایت فقیه که بعدا به ولایت مطلقه فقیه تغییرپیدا کرد، نخستین انحراف از آن اصول اولیه انقلاب بود، چرا که با اهداف عدالت، آزادی و اسلام رحمانی در تعارض بود.
کدیور که با سایت متعلق به خودش به نام جرس مصاحبه می کرد، در مورد انقلاب ضد فرهنگی سال 59 که به دستور خمینی صورت گرفت و هم چنین درمورد جنگ ضد میهنی گفت: «انقلاب فرهنگی - حذف دگراندیشی و تحمیل کلیشه های کهنه به نام دین و محدویت داد و ستد علمی - یک پدیده فرهنگ ستیز بود و به هیچ وجه قابل دفاع نیست. ادامه جنگ بعد از فتح خرمشهر ...(و) پنج سال کش دادن بی حاصل جنگ و تحمل خسارات فراوان جانی و مالی و کوشش برای تنبیه متجاوز که نهایتا به سر کشیدن جام زهر قطعنامه سازمان ملل در بدترین زمان ممکن انجامید از نقاط منفی کارنامه جمهوری اسلامی است.
وی در بخش دیگری از مصاحبه خودبا سایت جرس(5آبان88)، ضمن تأکید بر فقدان صلاحیت خامنه ای به عنوان رهبر و ولی فقیه نظام آخوندی، گفت: مشکل ایران مشکل ساختاری است... وی تأکید کرد که دروغ در رژیم دجال آخوندی نهادینه شده «و به تدریج به حکومت دروغگو و نظام دروغگو تبدیل شد».