روز دوم آذرماه 1367, مردی که خود را «غلام همتی» معرفی کرده بود, در مطبّ دکتر کاظم سامی,  با وارد کردن چند ضربه دشنه بر سرش, او را زخمی کرد. ضارب کلت و نارنجک نیز همراه داشت. دکتر سامی دو روز بعد در بیمارستان درگذشت.
   روز 5آذر1367, مسعود رجوی, مسئول شورای ملی مقاومت, در اطلاعیه یی اعلام کرد: «خمینی ضدبشر به جنایت تازه یی دست یازید و آقای دکتر کاظم سامی, وزیر اسبق بهداری, را هم به قتل رساند. به این ترتیب موج اعدام و کشتار,  پیوسته, گسترش می یابد و هر روز به دستور شخص خمینی افراد و دسته های جدیدی از روحانیان و مقامات پیشین حکومت نیز قربانی می شوند. پس از خوردن زهر آتش بس و قدم گذاشتن به مرحله فروپاشی و سرنگونی محتوم, البته از رژیم خمینی انتظاری جز این نمی توان داشت, و الّا حکومت کننده هرگز قادر به ادامه حکومتش نمی بود و مهار اوضاع را به سرعت از دست می داد».
این اطلاعیه با این جملات پایان می یابد: «شورای ملی مقاومت ایران ترور ناجوانمردانه دکتر کاظم سامی را محکوم می کند. بی گمان دیکتاتوری قرون وسطایی خمینی حساب این خونریزیهای بی دریغ را پس خواهد داد» («شورا», شماره 45, مهر تا آذر 1367, ص98).

روز 6آذر1367 (27نوامبر1988), روزنامه «جمهوری اسلامی» نوشت: «دکتر کاظم سامی به علت شدت جراحات وارده ساعت 21شب پنجشنبه ـ پریشب ـ در بیمارستان ساسان تهران دار فانی را وداع گفت». بنا بر همین گزارش, حدود ظهر روز چهارشنبه گذشته شخص ناشناسی, که به عنوان بیمار به مطبّ دکتر سامی مراجعه کرده بود, با ضربات دشنه وی را شدیداً از ناحیه سر مجروح کرد که بر اثر آن به قسمتهایی از مغز وی آسیب شدید وارد شده بود.

 به گزارش خبرگزاری فرانسه, در همین روز 6آذرماه, محتشمی, وزیر کشور رژیم, قتل دکتر کاظم سامی را به «گروههای ضد انقلاب» از جمله مجاهدین خلق نسبت داد و گفت: تعدادی نیز در این رابطه دستگیر شده اند. به دنبال این ادّعا, دفتر مجاهدین طی اطلاعیه یی اعلام کرد: «قتل سامی... توسط خود رژیم و به دستور شخص خمینی انجام شد. داعیه دروغ رژیم خمینی مبیّن نقشه های بعدی او برای ترورهای جدید است تا بتواند آنها را هم به حساب مجاهدین بگذارد».

محتشمی سه هفته بعد اعلام کرد که قاتل دکتر سامی به نام محمود جلیلیان در حمام برلیان اهواز خودکشی کرده است.
مهدی خزعلی, پسر «آیت الله خزعلی», در وبسایت شخصی اش نوشت که میرعماد, دادستان وقت, به درخواست همسر دکتر سامی دستور داد قبر جلیلیان را نبش کردند و مشخص شد که قاتل را کشته و سپس حلق آویز کرده اند. چندی بعد خود میرعماد بازداشت شد.

   دکتر سامی یکی از چهره های سیاسی معروف ایران بود. او در دولت مهندس بازرگان وزیر بهداری بود و تا برکناری بازرگان در آبان 58 در این سمت باقی ماند. در انتخابات نخستین دوره مجلس شورا به عنوان کاندیدای برگزیده  تهران به مجلس راه یافت. او از جمله شخصیتهای سیاسی بود که به مبارزه مسلحانه گرایش داشت. «در سال 1345 هفت تن پزشک, معلم و بازاری, به اتّهام جانبداری از آشوبگران و ترجمه و پخش مطالب مربوط به انقلاب کوبا و اقدام به تشکیل گروه پنهانی به نام ”جبهه آزادیبخش ملی“ دستگیر شدند. رهبر این گروه, که چندی بعد ”جاما“ نامگذاری شد, دکتر کاظم سامی, پزشک روان شناس و مبارز قدیمی بود» (تاریخ سیاسی بیست و پنجساله ایران, سرهنگ غلامرضا نجاتی, چاپ ششم, تهران, 1379, ص378).

دکتر سامی یکی از بیست و نه شخصیت سیاسی بود که در روز ششم آذر 1356 «کمیته ایرانی دفاع از آزادی و حقوق بشر» را بنیان نهادند. شماری از این بیست و شش تن عبارت بودند از: آیت الله ابوالفضل زنجانی, مهندس بازرگان, دکتر محمد ملکی, دکتر منوچهر هزارخانی, خلیل الله رضایی, دکتر کاظم سامی, دکتر یدالله سحابی, دکتر حاج سیدجوادی, دکتر کریم سنجابی, دکتر پیمان, دکتر لاهیجی و...

به دستور خمینی, دکتر سامی یکی از بنیانگذاران این کمیته در سالگرد تاٌسیس آن برای زهرچشم گرفتن از کسانی که در فکر ایجاد کانونی مشابه آن برای دفاع از حقوق بشر در ایران بودند, ترور شد, دکتر سامی از جمله شخصیتهای سیاسی بود که حاضر نشده بود به «ولایت» خمینی سربسپارد. امید نجف آبادی, از نزدیکان آیت الله منتظری نیز ازجمله کسانی بود که خمینی دستور زندانی کردن و نابودی او را داده بود.

به گزارش خبرگزاری رژیم در روز 7آذر67, «دادگاه ویژه روحانیون» 6روحانی, ازجمله فتح الله امید نجف آبادی ... را به همراه سه تن از ارامنه ... به اتّهام «تشکیل دستجات فساد... اهانت به مقدسات اسلام و امّت حزب الله و عمل بر خلاف حرمت روحانیت» به اعدام محکوم کرد. به گزارش یونایتدپرس, این افراد بین 15آبان تا 5آذر اعدام شدند.

به گزارش رادیو آمریکا در روز 10آذر, کمیته حقوق بشر سازمان ملل متحد... قطعنامه یی را تصویب کرد که نقض حقوق بشر توسط رژیم خمینی را به شدت مورد انتقاد قرار می دهد. گزارشگر ملل متحد می گوید رژیم خمینی در چندماه گذشته و به دنبال برقراری آتش بس با عراق اعدام مخالفان را شدت بخشیده است.

به گزارش رادیو رژیم در روز 15آذر67, خامنه ای [رئیس جمهور وقت رژیم] در جلسه پرسش و پاسخ دانشگاه تهران در جواب به این سؤال که «علت بی توجهی کامل جمهوری اسلامی به مسائل حقوق بشر و اجازه ندادن به کارشناسان حقوق بشر سازمان ملل برای بررسی این مساٌله چیست و علت اعدامهای مشکوک در ایران, آیا اعدامهای قبلی تا کنون توانسته دردی را دوابکند؟» گفت: «این سؤال لحن همین سؤال رادیوهای بیگانه و بعضی محافل بیگانه است. ما اجازه نمی دهیم که این نماینده حقوق بشر بیاید... وانگهی اگر نسبت به مسائل حقوق بشر خیلی توجه دارند, علیه منافقین و گروهکهای ضدانقلاب که تا حالا سیاهترین فجایع را توی این مملکت راه انداختند, چه می گویند؟... و اما اعدامها, اعدامهای دسته جمعی  در ایران, درست همان تاٌثیری را که رادیوهای بیگانه می گذارد, البته رادیو منافق هم همین را می گوید... این آدمی که توی زندان, از داخل زندان با حرکات منافقین... ارتباط دارد, او را به نظر شما باید برایش نقل و نبات ببرند؟».

خامنه ای به قتل عام زندانیان سیاسی, به ویژه زندانیان مجاهد در تابستان 67, اشاره دارد. خمینی حدود یک هفته پس از نوشیدن جام زهر آتش بس در جنگ ایران و عراق, و همزمان با عملیات «فروغ جاویدان», به نابودی همه زندانیان «سر موضع» مجاهدین فتواداد و قتل عام وحشیانه زندانیان آغاز شد.  «آیت الله منتظری», جانشین و «قائم مقام» خمینی در اعتراض به کشتارهای وحشیانه نخستین هفته های آغاز کشتار, در نامه یی خطاب به خمینی به تاریخ 9مرداد 1367 «راجع به دستور حضرت عالی مبنی بر‌اعدام مجاهدین موجود در زندانها» نوشت: «… افرادی که به‌وسیله دادگاهها، با موازینی، در سابق محکوم به کمتر از اعدام شده‌اند، اعدام کردن آنان بدون مقدمه و بدون فعالیت تازه‌یی بی‌اعتنایی به همهٌ موازین قضایی و احکام قضات است… ما تا حال از کشتنها و خشونتها نتیجه‌یی نگرفته‌ایم جز این‌که تبلیغات را علیه خود زیاد کرده ایم، جاذبهٌ منافقین (مجاهدین) و ضد انقلاب را بیشتر نموده ایم … بالاخره اعدام چند هزار نفر در ظرف چند روز, هم عکس العمل خوب ندارد و هم خالی از خطا نخواهد بود...» منتظری دو روز بعد در نامه دیگری به خمینی اعتراض یکی از حکّام شرع یکی از شهرستانها به اعدامهای جمعی را بازگو می‌کند و نشان میدهد مقصودش از «چند هزار اعدام» در نامه اول,  فقط در تهران بوده است.
خمینی و ایادیش طی چندماه بیش از 30هزار تن از زندانیان سیاسی  را قتل عام کردند. همزمان با این کشتار وحشیانه, برای خفه کردن صدای اعتراضهای اجتماعی, اختناق و کشتار را به بیرون زندانها جاری کردند. دکتر سامی ازجمله شخصیتهای سیاسی بود که قربانی تشدید اختناق و کشتار پس از قتل عام زندانیان سیاسی شد.