پس از طی چند سال فضای مذهبی ایران دگرگون شد و فتوای وجوب جهاد علیه روسیه از سوی علما صادر گردید. مجلسی در سلطانیه برپا شد، سران کشور در حضور فتحعلی شاه حضور یافتند، جیره خواران، با احساسات ریاکارانه، فضای جلسه را در دست گرفته بودند.
 در این جلسه فتحعلی شاه رو به قائم مقام کرد و پرسید: نظر شما چیست؟ قائم مقام امتناع کرد. با اصرار شاه، قائم مقام نظر خود را با سؤالی بیان کرد. قائم مقام از شاه پرسید عایدی و مالیات شما چقدر است؟ فتحعلی شاه جواب داد: سالانه شش کرور مالیات دریافت می کنیم. قائم مقام سپس ادامه داد: مالیات روسیه چقدر است؟ فتحعلیشاه گفت: شنیده ایم روسیه سالانه ششصد کرور مالیات دریافت می دارد. قائم مقام گفت: عقل حکم می کند، کسی که شش کرور دارد با کسی که ششصد کرور دارد درنیاویزد! در همین جلسه جیراه خواران شاه و دربار، با هَتّاکی (=ناسزاگویی)، قائم مقام را مورد شَماتت (=سرزنش) قرار دادند که او به شاه توهین کرده است.
 فردای آن روز حکم تکفیر قائم مقام، در شهر تبریز پخش شد. جیره خواران شاه و دربار، به خانه وی حمله و آن را تخریب و غارت کردند. قائم مقام به مشهد تبعید گردید.
 جنگ بین ایران و روس آغاز شد و در ابتدا، پیروزیهایی به دست آمد امّا با حمله روسیه، استان‌های آذربایجان شرقی و غربی تا جاده زنجان به تسخیر روسیه درآمد و تهران در تهدید روس‌ها قرار گرفت و پس از آن عهدنامه ترکمنچای بر ایران تحمیل و غرامت جنگ مطالبه شد. در این میان نیز احساس گرایان و جیره خواران پا به فرار گذاشتند و کشور را در بحران، تنها گذاشتند».
(باستانی پاریزی، ابراهیم، «حماسه کویر»، ابراهیم باستانی پاریزی، ص ۷۵).

  فتحعلیشاه در روز پنجشنبه ۱۹ جمادیالثانی سال ۱۲۵۰ ق (۲۳ اکتبر ۱۸۳۴م), هنگامی که برای سرکوبی دو تن از فرزندان نافرمانش عازم فارس بود, در اصفهان درگذشت. او سه ماه پیش از سفر, که مرگش را نزدیک دیده بود, در روز ۱۲ ماه صفر ۱۲۵۰ ق (۲۰ ژوئن ۱۸۳۴ م) در باغ باشکوه نگارستان (که در شمال میدان بهارستان کنونی قرارداشت) مجلس مهمانی مفصّلی آراست که در آن «جمیع اعاظم فضلا و علما و امرا و وزرای ایران و صاحب منصبان دربار» حضور داشتند. به امر او در آن مجلس, برای محمدمیرزا (پسر عباس میرزا), به عنوان پادشاه بعدی, «خطبه» خواندند.
وقتی محمدمیرزا خبر درگذشت فتحعلیشاه را شنید در تبریز بود. او به همراه قائم مقام فراهانی روانه تهران شد و در باغ نگارستان, که مراسم ولیعهدیش در آن برگزارشده بود, فرود آمد. سفیران روس و انگلیس هم که پس از درگذشت فتحعلیشاه به تبریز رفته بودند, به همراه محمدمیرزا وارد تهران شدند. محمدمیرزا به تدبیر و نیک اندیشی قائم مقام فراهانی, بر اوضاع نا به سامانی که در اثر درگذشت فتحعلیشاه پدیدآمده بود, چیره شد و روز ۲۲ شعبان ۱۲۵۰ ق (۲۴ دسامبر ۱۸۳۴م) در باغ نگارستان بر تخت شاهی نشست.

 
(محمدشاه, اثر ابوالحسن غفّاری, صنیع الملک, نقّاش زمان او)
با این که فتحعلیشاه ۵۹ پسر داشت و شماری از آنها در پی تصاحب تاج و تخت شاهی بودند، روس و انگلیس, بی درنگ, پادشاهیش را به رسمیت شناختند. براساس عهدنامه ترکمانچای هم جانشین فتحعلیشاه میبایست از نسل عباس میرزا باشد. دو فرزند فتحعلیشاه، فرمانفرما و ظلّ السلطان ( اوّلی حکمران فارس و دوّمی حکمران تهران), که مدّعی جانشینی پدر بودند، وقتی روس و انگلیس را با محمدشاه همراه دیدند, دست از مخالفت برداشتند.
محمدشاه به یاری قائم مقام فراهانی, وزیر عباس میرزا, پایه های قدرتش را استوارکرد. اما, عمر زمامداریش به یک سال هم نرسیده بود که در ۲۴ صفر ۱۲۵۱ ق (۲۱ ژوئن ۱۸۳۵م) فرمان داد قائم مقام, صدراعظم دلسوز و کاردانش, را از دربار شاه در بالاخانه «دلگشا» در باغ نگارستان به زندان «حوضخانه», در زیرزمین عمارت نگارستان, بردند و او را, بدون آب و غذا, در آن بیغوله زندانی کردند و ۶ روز بعد در آخرین شب ماه صَفر, او را با فروبردن دستمالی در گلویش خفه کردند و ایران را از وجود یکی از نخبگان سیاسی باتدبیر و شایسته یی که به خوبی میتوانست دربرابر خودکامگیهای دربار و ایادی روس و انگلیس ایستادگی کند, محروم نمودند. قائم مقام را, با لباس و بدون غسل و کفن در شاه عبدالعظیم به خاک سپردند.
محمدشاه پس از این جنایت وحشیانه, وزارتش را به معلم و مرادش, حاج میرزا آقاسی داد که از فن مملکتداری بهرهیی نداشت.
در سال ۱۲۵۱ ق (۱۸۳۵م), که قائم مقام به قتل رسید, در تهران بیماری وبا شایع شد که در اثر آن بیش از ۸ هزار نفر از مردم تهران درگذشتند.

 
«قائم مقام نثر فارسی را که در آن زمان پر از مبالغه و تملّق و عبارت‌رپردازی‌های عربی مسجّع، پیچیده و دور از ذهن بود و روز به روز در فرمان‌ها و مراسلات رو به انحطاط می‌رفت به نثر فصیح و روان برگردانید و پس از او بسیاری از منشیان دوره قاجار از سبک او پیروی کردند و به روش او به نگارش پرداختند.
 مجموعه رسائل و "مُنشآت" قائم مقام، که حاوی چند رساله و نامه‌ های دوستانه و عهد نامه‌ها و وقفنامه‌ هاست ... در سال ۱۲۴۲ قمری در تهران به چاپ رسید» (ویکی پدیا).
 نمونه یی از نثر روان و آهنگین و بدون تکلّف و سَجع قائم مقام فراهانی را در زیر می خوانید.

 «نامه یی دوستانه
 مهربان من، دیشب که به خانه آمدم خانه را صحن گلزار و کلبه را "طبله عطّار" دیدم.
 ضیفی مُستغنی الوصف (=میهمانی بی نیاز از تعریف) که مایه ناز و محرم راز بود، گفت: قاصدی وقت ظهر کاغذی سر به مُهر آورده که سربسته به طاق ایوان است و گلدسته باغ رضوان.
 گفتم: انّی لاجدُ ریحَ یوسفَ لَو لا اَن تُفَندُونَ (=اگر بر من خطا نگیرند من بوی یوسف از آن به مشامم می رسد) فی الفور با کمال شعف و شوق
"مُهر از سر نامه بر گرفتم ـ گویی که سر گلابدان است
ندانستم نامه خط شماست یا نافه مُشک خَتا، نگارخانه چین است یا نگارخانه عنبرین.
"دل می برد از آن خط نگارین ـ
 گویی خط (=موی نورُسته صورت) روی دلستان است"
پرسشی از حالم کرده بودی، از حال مبتلای فراق که جسمش اینجا و جان در عراق است، چه می پرسی تا نه تصوّر کنی که بی تو صبورم.
 به خدا که بی آن جان عزیز شهر تبریز برای من تب خیز است بل که از مُلک آذربایجان آذرها به جان دارم و از جان و عمر، بی آن جان عمر، بیزارم.
 "گفت معشوقی به عاشق کی فَتی (=جوان)
 تو به غربت دیده ای بس شهرها
پس کدامین شهر از آنها خوشتر است
 گفت آن شهری که در وی دلبر است"
بلی، فُرقَت (=جدایی) یاران و تفریق میان جسم و جان بازیچه نیست ... ایّام هجر است و لَیالی (=شبها) بی فجر. درد دوری هست، تاب صبوری نیست. رنج حرمان (=بی بهره ماندن) موجود است راه درمان مسدود.
"یارب تو به فضل خویش باری
 زین ورطه هولناک برهانم"
 همین بهتر که چاره این بلا از حضرت جَلّ و عَلا (=خداوند) خواهم تا به فضل خدایی، رسم جدایی از میان برافتد و بخت بیدار و روز دیدار با دیگر روزی شود. والسّلام».
 («منشآت»، قائم مقام فراهانی، به کوشش سید بدرالدین یغمایی، تهران، انتشارات «نگاه»، دیماه ۱۳۷۶).