علیه بشریت است، نوشته بود:« کسانی که در زندانهای سراسر کشور برسر موضع نفاق خود پافشاری کرده و می کنند، محارب ومحکوم به اعدام می باشند». خمینی درپاسخ به سؤالات فوری رئیس دیوانعالی رژیم که ایا این حکم افراد محاکمه نشده یا افرادمحکوم به زندان که دوره محکومیتشان هم تمام شده را شامل میشود یانه؟ با قساوتی حیرت انگیز دوباره دستورداد:«در تمام موارد فوق هرکس در هر مرحله اگر بر سر نفاق باشد حکمش اعدام است سریعا دشمنان اسلام را نابود کنید.
منتظری دراعتراض خود به خمینی به خاطرصدور کشتار مجاهدین زندانی نوشت اعدام چند هزارنفر درچند روز و آن چه توسط هیات مرگ منصوب خمینی و وزارت اطلاعات صورت گرفته روی ساواک شاه وجنایات دیکتاتوری سابق را سفید کرده است.
آقای منتظری به خمینی نوشت:«مجاهدین خلق یک سنخ فکروبرداشت هستند، یک نحو منطق است و منطق غلط را با منطق صحیح باید جواب داد باکشتن حل نمیشود بلکه ترویج میشود».
 آقای منتظری که پس از برکناری توسط خمینی، پیوسته درحالت حصرومحدودیت بود، درمقاطع مختلف به انتفاد واعتراض علیه خامنه‌ای و حاکمیت مبادرت کرد و در پی بالا گرفتن قیام سراسری مردم ایران علیه حکومت جبار آخوندی، طی فتوایی به تاریخ 19 تیرماه88، بدون نام بردن از خامنهای، حکم به عزل او داد و ولایت او را به خاطر فقدان عدالت و امانتداری و برخوردار نبودن از رأی اکثریت مردم “موجب سقوط قهری” شناخت و حکومت خامنهای را “جائر” و ولایت او را “جائرانه” خواند.
درپی صدور حکم منتظری، رهبرمقاومت دراین باره پیامی فرستاد که توجه شما را به آن جلب میکنیم:

حکم منتظری به عزل خامنه ای
مسعود رجوی-19تیر88
حکم آیت الله منتظری،مبنی بر ولایت جائرانه خامنه ای و ضرورت عزل او از این مقام و تاکید براینکه «ترس از مخلوق شرک به خدا» و حق حاکمیت خلق در زنجیر ایران است شایان تقدیر است.
بالاترین سرمایه دنیوی و اخروی منتظری در پیشگاه خدا و خلق همانا عزل او توسط خمینی دجال از منصب جانشینی، بخاطر اعتراض به قتل عام زندانیان مجاهد است. دست شستن از همکاری با ظلمه و حکام جور و ستم طبق تعالیم صریح شیعه جعفری و نصّ روایت امام صادق وظیفه هر مسلمان و مؤمن است. بنابراین عزل از جایگزینی تالی حَجاج بن یوسف در تاریخ معاصر اسلام و ایران ، که خمینی سفاک و خون آشام است، موجب فاصله گرفتن از عذاب اخروی و آتش جهنم است. همانا که بسیاری از آخوندها و مدعیان روحانیت از راه خدا باز میدارند ، دارایی های مردم ایران را به سرقت می برند و می‌خورند. . . پس آنان را به عذاب الیم بشارت ده. . .
إنَّ کَثیرًا مّنَ الأَحْبَار وَالرُّهْبَان لَیَأْکُلُونَ أَمْوَالَ النَّاس بالْبَاطل وَیَصُدُّونَ عَن سَبیل اللّه. . . فَبَشّرْهُم بعَذَابٍ أَلیمٍ
جای آن دارد که آقای منتظری که اکنون در 87 سالگی بسرمیبرد ، برای خیر دنیا و آخرت خود و جبران مافات ، قبل از ممات، تمامی حق و حقیقت را خالصانه و لوجه الله با مردم ایران در میان بگذارد. حق و حقیقت همانا غصب حاکمیت و حقوق مردم ایران و سرقت انقلاب ضدسلطنتی تحت عنوان ولایت فقیه است. لکه ننگ و رژیمی که باید بالکل از تاریخ ایران و از دامن مطهر اسلام علوی زدوده شود. همچنانکه دیکتاتوری سلطنتی پایانی جز سرنگونی نداشت، سلطنت مطلقه آخوندی نیز که بقول خود آقای منتظری ،روی ساواک شاه را در شکنجه و کشتار و جرم و جنایت سفید کرده است ،محکوم به فنا و نابودی و لعنت ابدیست.
امیدواریم که آقای منتظری در همین رابطه، هرگونه “ترس از مخلوق” و کفار و مشرکان آزادی و حقوق ملت ایران از قبیل خامنهای و احمدی نژاد را، به کناری بگذارد و به این وسیله دین خود را به ایران و اسلام و بویژه به ائمه تشیع، ادا کند. در راستای ادای همین وظیفه،برای او آرزوی سلامت و توفیق و طول عمر می‌کنم.
مسعود رجوی-19تیر88