او علاوه بر خصایل مردمی و انقلابی، یار با وفای مقاومت مردم ایران بود و ازهمان روزهای نخست پس از انقلاب جانانه در مقابل ایلغار ارتجاع و خمینی با شهامت ایستاد و از آزادی به ویژه در "سنگر آزادی" جانانه دفاع کرد.
او که بهمراه سایر اساتید دانشگاه در فردای ۱۳ آبان ۵۷ در اعتراض به رژیم شاه و کشتار دانش آموزان و حمله به دانشگاه در دبیرخانه دانشگاه تهران تجمع کرده بود با هتک حرمت رئیس انتصابی دانشگاه مواجه گردید و لذا در دبیرخانه تحصن اختیار نمود.
این تحصن پس از دو ماه در روز ۲۳ دی ۵۷ به همت دانشگاهیان، مبارزین و مجاهدین و در حضور آیت اله طالقانی خاتمه داده شد و دانشگاه عنوان "سنگر آزادی" را از آن خود نمود.
پس از انقلاب، دکتر ملکی از سوی مهندس بازرگان بعنوان رئیس دانشگاه تهران معرفی شد و بعد از تشکیل شورای دانشگاه از سوی این شورا نیز به ریاست دانشگاه انتخاب گردید.
او که از دیر هنگام به اداره شورایی دانشگاه اعتقاد داشت پیگیرانه تحقق این امر را در دانشگاه دنبال نمود بطوری که تمامی رؤسای دانشکده ها از سوی شورای هماهنگی دانشکده ها انتخاب و به شورای دانشگاه معرفی شدند.
وی علاوه بر ریاست دانشگاه، امر مهم سیاسی تماس با تشکلهای دانشجویی مختلف را بعهده گرفت و بخوبی از عهده این امر برآمد. فعالیتهای سیاسی در دانشگاه و به ویژه میتینگهای سازمانهایی چون مجاهدین در دانشگاه تهران از مشخصه های دوران ریاست دکتر ملکی است.
جالب اینکه از ۷۲ تشکل دانشجویی،صنفی، سیاسی، مذهبی تنها انجمن اسلامی وابسته به رژیم خمینی و حزب جمهوری او از دکتر ملکی و روش کارش خرسند نبود و با او دایم در تضاد بودند.
جلسه سخنرانی آقای مسعود رجوی بمناسبت کاندیداتوری ریاست جمهوری در دانشکده ادبیات دانشگاه تهران با حضور بیش از ۴۰۰ استاد و با حضور دکتر ملکی، جلوه دیگری از رفتار مردمی و سیاسی رئیس دانشگاه تهران بود.
دکتر ملکی در جلسه ی سخنرانی آقای رجوی بعنوان کاندیدای نمایندگی مجلس شورای ملی که به همت "استادان متعهد دانشگاه ها" در اردیبهشت ۵۸ در دانشکده اقتصاد دانشگاه ملی برگزار گردید حضور یافت
در فروردین سال ۵۹ خمینی ملعون که اعوان و انصارش در دانشگاه منفور و در اقلیت محض بودند، دیگر دانشگاه را بر نمی تافت، و دستور بستن دانشگاه ها تحت عنوان "انقلاب فرهنگی "را داد، دانشگاه های کشور را به خاک و خون کشید و از خرداد ماه همان سال دانشگاه ها بست. دکتر ملکی این امر را نپذیرفت و از آن بعنوان کودتای فرهنگی یاد کرد و پس از آن از ریاست دانشگاه تهران استعفا داد.
 پس از خرداد ۶۰ و دستگیری های گسترده از جمله در دانشگاه ها دکتر ملکی نیز دستگیر و به اعدام محکوم گردید. این حکم بعدا به ده سال زندان تخفیف داده شد و پس از پنج سال شکنجه و سلول انفرادی و... بالاخره آزاد شد. وی با آزادی از زندان به فعالیتهای سیاسی بر علیه دیکتاتوری آخوندی ادامه داد و در حالیکه از بیماری قند و سرطان رنج می برد چند بار دیگر بازداشت و زندانی شد.
او همواره در فعالیت های سیاسی خود از حمایت خانواده های زندانیان و اعدام شدگان دریغ نمی کرد. نمونه بارز آن اعتراض به قتل فجیع ستار بهشتی بود .
دکتر ملکی از طرفداران سرسخت لغو حکم اعدام بود و از این که مقاومت ایران خواهان لغو اعدام شده بود ابراز خوشحالی بسیار میکرد و میگفت الان این مساله تبدیل به طوفان شده است.
کمیسیون دانشگاههای شورای ملی مقاومت ایران خود را شریک غم از دست رفتن این یار دیرپای دانشگاهی و همه رهروان او در این راه می داند و امیدوار است با سرنگونی این رژیم ضد علم، دانش و دانشگاه مسیر شکوفا شدن استعدادهای هم میهنان هرچه بیشتر هموار گردد.

کمیسیون دانشگاه‌های شورای ملی مقاومت
محمد علی شیخی ۱۲ اذر ۱۳۹۹