از آن جایی که مهمترین امور دانشگاه پس از انقلاب رسیدگی به امور دانشجویان و تشکلهای دانشجویی بود خود دکتر ملکی مسئولیت این امر را نیز به عهده گرفت. در آن دوران از 72تشکل مختلف دانشجویی که در دانشگاه تهران وجود داشت تنها تشکل انجمن اسلامی دانشجویان که وابسته به حزب جمهوری و رژیم بود با روش و منش او مخالف بود و در کار او سنگ اندازی می کرد.
پس از پیاده شدن شوراها در دانشگاه ها و بخصوص دانشگاه تهران رژیم آخوندی در دانشگاهها در انزوای کامل قرار گرفت؛ چیزی که خود یکی از دلایل انقلاب ضدفرهنگی و یورش به دانشگاهها بود.
پس از تعطیلی دانشگاهها ملکی و بقیه اعضای شورای ریاست دانشگاه از کار برکنار شدند و کار دانشگاهها عملا به عهده جهاد دانشگاهی که یک نهاد ارتجاعی ضد دانش و علم بود گذاشته شد.
دکتر ملکی پس از بسته شدن دانشگاهها در سال60 دستگیر شد و تا سال65 در زندان بود. در سالهای بعد نیز یک بار دیگر در سال79 دوباره دستگیر شد و مدتی را در زندان گذراند.
در سالهای اخیر موضعگیریهای مختلف سیاسی دکتر ملکی به ویژه در رابطه با اعدامهای سال60 و قتل عام 30هزار مجاهد و مبارز در زندانهای رژیم به دستور خمینی جلاد در سال67،  و همین طور موضعگیری در رابطه با سرکوب وحشیانه دانشجویان کوی دانشگاه در تیرماه سال78 و سایر مواضع مترقی وی باعث شد رژیم ضدبشری آخوندی وی را در سن 76 سالگی با وجود بیماریهای مختلف بار دیگر در 31مرداد 88 دستگیر کرده اند. در آخرین دور بازداشت وی دکتر ملکی بعد از تحمل 191 روز حبس در روز 10اسفند با قرار کفالت آزاد شد تا در 24فروردین 89 به پرونده اش با اتهام «محاربه» رسیدگی شود.
تشکل استادان متعهد دانشگاهها و مدارس عالی کشور که در دوران تصدی ریاست دانشگاه دکتر ملکی در تهران شکل گرفت و متشکل از تعدادی اساتید دانشگاه تهران بود بازداشتهای مکرر و نیز اتهام «محاربه» به دکتر ملکی را به شدت محکوم کرده و از مراجع بین المللی حقوق بشر خواهان حمایت از وی و فشار آوردن برروی رژیم آخوندی بوده تا این استاد شریف دانشگاه و اولین رئیس دانشگاه تهران بعد از انقلاب ضدسلطنتی ، به ویژه با توجه به کهولت سن و بیماری او، مورد اذیت و شکنجه های آزار دهنده قرار نگیرد.
دکتر محمدعلی شیخی نماینده استادان متعهد دانشگاهها و مدارس عالی کشور در شورای ملی مقاومت