از دولتمردان همراه دکتر مصدق، فاطمی تنها کسی بود که بعد از کودتای ۲۸مرداد به اعدام محکوم شد. شاه یک روز پس از بازگشتش از رُم به دنبال کودتا، در گفتگویی با کرمیت روزولت، عامل اصلی کودتای ننگین ۲۸مرداد، گفته بود: «حسین فاطمی هنوز پیدا نشده، ولی به زودی پیدا خواهد شد. او بیش از همه توهین و ناسزاگویی کرد… وقتی دستگیر شود، اعدام خواهد شد». («مصدق و نهضت ملی ایران»، نوشته فؤاد روحانی)
کینه شاه و هم‌پیوندان او نسبت به دکتر فاطمی، بی‌دلیل نبود. عشق شدید او به مصدق، مظهر استقلال و آزادی ایران، نفرتش از دربار و دشمنان آزادی و استقلال میهن، آن چنان روشن و برجسته بود که برای دوست و دشمن نادیده گرفتنی نبود. این عشق و نفرت، از آغاز ورود در کارهای سیاسی ـ فرهنگی،با او همراه بود.
دوران باروری سیاسی او از روزنامه «باختر» شروع شد که او در ۲۴ سالگی، پس از سقوط دیکتاتوری بیست ساله، سردبیری آن را به عهده گرفت. سرمقاله های او در این روزنامه در مدت کوتاهی نام او را بر سر زبانها افکند.
در دوره نخست‌وزیری علی سهیلی، «از دوستان ثابت‌قدم قدیمی انگلیس» («خاطرات آنتونی ایدن»، وزیر خارجه انگلیس)، وقتی دولت، برای اعمال نفوذ در انتخابات مجلس چهاردهم، لایحه «تحدید مطبوعات» را به مجلس سیزدهم ـ که آخرین روزهای عمر خود را می‌گذرانید ـ برد و فشار بر مطبوعات را آغاز کرد، فاطمی در سرمقاله ۱۶خرداد۱۳۲۱، زیر عنوان «مبارزه باید کرد»، خطاب به دولت سهیلی نوشت: «ملت ایران تمام حسابش با شماست که موجد بدبختی دیروز و مسبّب هرج و مرج امروز و پدیدآورنده فساد و تباهی هستید. ما روزهای اوّل مبارزه را طی می‌کنیم، زحمت و مرارت بسیار در پیش داریم و بدون تردید سرانجام موفقیت با ماست».
در روز ۲۱ خرداد، وقتی سهیلی در مجلس مسأله توقیف روزنامه «مرد امروز» و دستگیری مدیر آن، محمد مسعود، همکار و همرزم دکتر فاطمی، را به میان کشید و از سانسور مطبوعات دفاع کرد، فاطمی در همان روز در سرمقاله «باختر» او را «عنصر ارتجاعی و مستبدّ» خواند و ابراز انزجار شدید خود را نسبت به وی اعلام کرد.
فردای آن روز در سرمقاله «دزدها هنوز هم مال مردم را می‌برند»، نوشت: «آنهایی که بر ضدّ مطبوعات رَجز می‌خوانند… و تقاضای تعقیب و توقیف جراید را می‌کنند… اطمینان قطعی داشته باشند که دیر یا زود جواب زبان درازی خود را خواهند شنید… ما تا دقیقه آخر مبارزه می‌کنیم… و با مشت جواب توپ پنبه یی ابلهان را می‌دهیم».
سرانجام مبارزات قلمی دکتر فاطمی، محمد مسعود و همراهی اقلیت مجلس با آنها، باعث شد که «لایحه تحدید مطبوعات» به تصویب مجلس نرسد.
همکاری تنگاتنگ فاطمی و مصدق از مهر۱۳۲۸ آغاز شد. در این ماه آنها با انتخابات فرمایشی دوره شانزدهم مجلس، که زیر کنترل و فشار دربار برگزار شده بود، به شدّت انتقاد کردند. اشتراک در افشای ماهیت این انتخابات فرمایشی، نقطه پیوند دکتر مصدق و دکتر فاطمی شد که تا پایان زندگی این دو آزاده مرد ادامه داشت.
به پیشنهاد دکتر فاطمی بود که جبهه ملی در روز اول آبان ۱۳۲۸ به وجود آمد و خود او مسئولیت کمیسیون تبلیغات آن را به عهده گرفت. ملی‌کردن صنعت‌نفت در سراسر کشور نیز به پیشنهاد او صورت پذیرفت. دکتر مصدق در این‌باره می‌نویسد: «اگر ملی‌شدن صنعت نفت خدمت بزرگی است که به مملکت شده، باید از آن کسی که اول این پیشنهاد را نموده، سپاسگزاری گردد و آن کس شهید راه وطن دکتر حسین فاطمی است که… در تمام مدت همکاری با این جانب حتی یک ترک اولی هم از آن بزرگوار دیده نشد» (زندگی و مبارزات سیاسی دکتر حسین فاطمی، نصرالله شیفته).
پس از نخست‌وزیری دکتر مصدق در ۱۱اردیبهشت۱۳۳۰، دکتر فاطمی معاون سیاسی و پارلمانی او شد و تا ۲۶ بهمن همان سال، که بر مزار محمد مسعود مورد سوء قصد یکی از دست پروردگان نوّاب صفوی قرار گفت، در همین پست از راه و آرمان مصدّق دفاع کرد.
درگیری او در این مدت با دولت انگلیس و همدستان داخلی او بود. پس از اخراج ۳۵۰ کارشناس انگلیسی از ایران در روز دوم مهر ۱۳۳۰ و شکایت انگلیس به شورای امنیت سازمان ملل‌متحد در اعتراض به این اقدام، مصدق، فاطمی و چند تن دیگر از دولتمردان ایران روز ۱۴مهر عازم نیویورک شدند. مدافعات دکتر مصدق در شورای امنیت باعث شد که امر رسیدگی به شکایت به دادگاه لاهه واگذار شود.
پس از این پیروزی مصدق، مخالفان، فعالیت خود را علیه او شدیدتر کردند و فاطمی نیز در دفاع از مصدق و مبارزه با دشمنان او سرسخت‌تر شد. او در سرمقاله ۱۷دی۱۳۳۰، روزنامه «باختر امروز»، در مطلبی با عنوان «ادّعانامه پنجاه‌سال جنایات شرکت نفت سابق»،نوشت: «غلامان اجنبی، گمان کردید با سرنوشت یک مملکت می‌شود شوخی کرد؛ خیال کردید دکتر مصدق بیدی است که از باد بی اثر جنوب بلرزد و در همّت و عزم خلل ناپذیر او رخوتی حاصل شود… بروید به اربابانتان بگویید که مصدق هشیار و روشن بین، این سلاح را نیز از دستتان خواهد گرفت و بر مغز پوک و گندآلودتان خواهد کوفت… رژیم نیم‌قرنی کمپانی و بندگان درگاه سفارت، هر دو باید گورشان را از این کشور گم کنند».
وقتی در روز ۳۰دی همهٌ کنسولگریهای انگلیس در ایران بسته شد، دکتر فاطمی روز اول بهمن را «روز استقلال ایران» اعلام کرد و در روز ۹ بهمن، پس از خروج دست پروردگان انگلیس، به رهبری جمال امامی، از تحصن ۵۰ روزه در مجلس، در سرمقاله «باختر امروز» نوشت: «تف بر شما غلامان حلقه به گوش خارجی… دیری نخواهد گذشت که حساب این عربده جوییها و بدمستیها در برابر یک دادگاه عالی ملی گرفته خواهد شد…».
روز بعد باز در همین باره نوشت: «اقلیت نفتی حق دارد فریاد عدم آزادی از جگر برآورد… آن آزادی که این گروه می‌خواهند، تأمینش از عهده دکتر مصدق یا هر حکومت شرافتمند و پاک، نظیر او ساخته نیست. اینها آزادی دزدی و غارت و چپاول می‌خواهند… اگر شما زالوهای اجتماع ضدمصدق نباشید… مردم هرگز تا به این درجه ابراز اعتماد و اطمینان و علاقه به پیشوایان ملی خود نمی‌کردند».
در همان روزها ارتجاع مذهبی، که در مخالفت با مصدق با دربار و انگلیس همسو بود، قصد جان دکتر فاطمی کرد تا این فریاد دادخواه ملت به غم نشسته را در گلو خفه سازد.
روز ۲۶بهمن۳۰، هنگامی‌که دکتر فاطمی بر مزار همکار و همسنگر شهیدش، محمد مسعود، سخن می‌گفت، توسط یکی از دست آموزان نواب صفوی، گلوله یی به سوی او شلیک شد. زخم کاری این گلوله باعث شد که دکتر فاطمی از ۲۶ بهمن، ۳۰ تا شهریور ۳۱ در بیمارستان بستری شود.
او پس از بهبودی در آغاز مهرماه۳۱ وزیر خارجه و سخنگوی دولت مصدق شد و در همان آغاز کار در ۱۱مهر، گزارشی درباره «اقتصاد بدون نفت» به مجلس ارائه داد.
دکتر فاطمی در روز ۲۱مهر، کودتایی را علیه دولت مصدق، که توسط میدلتون (کاردار سفارت انگلیس)، سرلشکر زاهدی، سیدضیاء الدین طباطبایی، اسدالله علم، سرلشکر حجازی، سرتیپ آریانا و با همکاری دکتر بقایی در حال تکوین بود، افشاکرد.
پس از افشای این توطئه، گزارشی از دکتر مصدق درباره قطع رابطه سیاسی با انگلیس در روز ۲۴مهر از رادیو ایران خوانده شد و دکتر فاطمی در روز ۳۰ مهر ضمن یادداشتی به سفارت انگلیس، تصمیم ایران مبنی بر قطع رابطه سیاسی ایران در انگلیس را اعلام کرد.
پس از خنثی شدن توطئه کودتای ۲۵مرداد۳۲ و فرار شاه به بغداد، فاطمی به دستور دکتر مصدق کاخ مرمر و سعدآباد را مهر و موم کرد و به سفیر ایران در بغداد تلگرامی برای بازداشت شاه فرستاد. عصر آن روز در میتینگی که در میدان بهارستان تشکیل شد، دکتر فاطمی در سخنرانی خود، که از رادیو ایران هم پخش شد، خواستار لغو نظام سلطنتی در ایران گردید و در سر مقاله «باختر امروز» در عصر همان روز نوشت: «دربار در تمام طول ده سال اخیر قبله گاه هر چه دزد… هرچه واخورده اجتماع بوده… و از همه بدتر تنها تکیه‌گاه خارجیان و نقطه اتّکای سفارت انگلیس، این دربار گند و کثیف و لعنتی بوده است. دیگر باید به دوازده سال توطئه… خاتمه داد… بی‌اعتنایی به سرنوشت میلیونها مردم تا همین جا کافی است».
او در سرمقاله ۲۶مرداد «باختر امروز»، شاه را «سردسته خیانتکاران نامید که کودتای خائنانه ۲۵مرداد را برای «خفه کردن صدای ملت»، «نابود کردن حکومت ملی»، و «فروش وطن و تجدید عهد اسارت و مرگ استقلال و محو حاکمیت مملکت» پی ریزی کرد.
او در سرمقاله ۲۷ مرداد «باختر امروز» نیز نوشت: «انگلیسیها هنوز خیال می‌کردند از دربار بی شرم، از دربار منفور، از دربار دشمن ملت… کاری ساخته است و فراری بغداد برای آخرین نفس خواهد توانست جنبش مردم قهرمان ما را در جلو پای لردان غارتگر قربانی کند و مزد این خیانت عظیم به منافع و استقلال و آزادی مردم خویش را یک بار دیگر از ایشان بستاند».
***
دکتر فاطمی پس از کودتای نکبت‌بار ۲۸مرداد، مخفی شد. دولت نظامی زاهدی برای پیداکردن او جایزه تعیین کرد. هنگامی‌که در روز ۶اسفند۳۲ در خانه یی در میدان تجریش دستگیر شد و او را به کاخ دادگستری بردند به توطئه علوی مقدّم، رئیس کل شهربانی، اوباش وابسته به دربار، به سردستگی شعبان جعفری (بی‌مخ)، به قصد ترور به او حمله کردند و در جلو کاخ دادگستری، ۱۶ضربه کاری چاقو بر پیکر او فرود آوردند. دکتر فاطمی بر اثر این ضربه‌ها تا تیرماه۳۳ در بیمارستان شماره یک ارتش بستری شد، سپس، در حالی‌که هنوز زخمهایش خونچکان بود، به زندان لشکر ۲ زرهی برده شد.
دکتر فاطمی در بیدادگاه شاه از عزم سترگ خود برای مبارزه در راه جنبش ملی سخن گفت و از مصدق کبیر، «مرد بزرگی که پنجاه سال امتحان تقوی سیاسی و شرف و مردانگی داده بود»، دفاع کرد و بیمی از مرگ به دل راه نداد.
در روز یکشنبه ۱۷مهرماه ۳۳ حکم اعدام این کوهمرد سازش ناپذیر صادر شد و این حکم در سحرگاه روز ۱۹آبان به اجرا درآمد.
پیش از اجرای حکم، دکتر فاطمی هنگامی که به تیرک اعدام بسته شد، سه بار با صدایی رسا فریاد زد: «زنده‌باد دکتر مصدق، پاینده باد ایران»، و وفاداریش را تا پای جان به راه و آرمان مصدق اثبات کرد.
